داستان بلافاصله پس از وقایع Grisaia no Meikyuu رخ می دهد، زمانی که Kazami Yuji مظنون به همکاری با یک سازمان تروریستی بین المللی به رهبری Hithaslo است و این سازمان موفق می شود با یک سلاح کشتار جمعی بسیار خطرناک وارد مرزهای ژاپن شود. در همین حال، در آکادمی میهاما، بقیه دانش آموزان به دلیل مشکلات مالی که معلمشان با آن مواجه است، زمان زیادی تا تعطیلی مدرسه ندارند. در طول یک سال گذشته، به لطف دخالت یوجی، دختران میهاما بالاخره توانستند به وضعیت جدید عادت کنند، اما آیا آنها سر خود را پایین نگه می‌دارند...

در جوانی وحشی، دانش‌آموز دبستانی شویا ایشیدا به‌دنبال غلبه بر کسالت به بی‌رحمانه‌ترین راه‌ها بود. هنگامی که شوکو نیشیمیای ناشنوا به کلاس خود منتقل می شود، شویا و بقیه کلاسش بدون فکر او را برای تفریح ​​مورد آزار و اذیت قرار می دهند. با این حال، هنگامی که مادرش به مدرسه اطلاع می دهد، او را به خاطر هر کاری که با او انجام می شود مورد سرزنش قرار می دهند. با انتقال شوکو به خارج از مدرسه، شویا به رحمت همکلاسی هایش رها می شود. او در تمام دوران دبستان و راهنمایی بی‌دلیل طرد می‌شود، در حالی که معلمان چشما...