تنها کاری که رومی یوکوی می‌خواهد انجام دهد این است که در طول مدرسه تمرکز کند، اما مدام توسط توشیناری سکی، همکلاسی همسایه‌اش، حواسش پرت می‌شود. توجه در حین کلاس کمترین نگرانی سکی است، زیرا او روی چیدمان های پیچیده ای که با استفاده از مجموعه ای از آیتم ها ایجاد می شود، وسواس دارد، از یک دومینوی استادانه روی میزش گرفته تا یک جنگ خائنانه که با قطعات شوگی انجام می شود. یوکوی ناامیدانه تلاش می‌کند تا در کلاس تمرکز کند، اما بارها و بارها درگیر عجیب‌وغریب‌های جذابش می‌شود. با این حال، به نظر می رسد که آ...

داستان بلافاصله پس از وقایع Grisaia no Meikyuu رخ می دهد، زمانی که Kazami Yuji مظنون به همکاری با یک سازمان تروریستی بین المللی به رهبری Hithaslo است و این سازمان موفق می شود با یک سلاح کشتار جمعی بسیار خطرناک وارد مرزهای ژاپن شود. در همین حال، در آکادمی میهاما، بقیه دانش آموزان به دلیل مشکلات مالی که معلمشان با آن مواجه است، زمان زیادی تا تعطیلی مدرسه ندارند. در طول یک سال گذشته، به لطف دخالت یوجی، دختران میهاما بالاخره توانستند به وضعیت جدید عادت کنند، اما آیا آنها سر خود را پایین نگه می‌دارند...